Ha az adózó az adóellenőrzés nyomán született határozatot megalapozatlannak vagy az eljárást pedig jogszerűtlennek tartja, az első fokú határozat közlése utáni 15, illetve utólagos adómegállapítás esetén 30 napon belül fellebbezhet. A fellebbezésnek nincs kötött formája.
A határidőben benyújtott fellebbezésben rögzített indokokkal a hivatal egyetért, a döntést módosíthatja, javíthatja, kiegészítheti, visszavonhatja. Ellenkező esetben a fellebbezést a felettes szervhez kell továbbítania, amely a döntést megváltoztathatja, megsemmisítheti, illetőleg — ha további tisztázásra van szükség — új eljárást rendelhet el. Azonban helybenhagyja a határozatot, ha azt és a teljes eljárást jogszerűnek tartja. Ebben az esetben a döntés már a másodfokú határozat kézbesítésekor jogerőre emelkedik, a fizetési kötelezettség pedig 15 nap elteltével esedékessé válik. Ha az adózó a másodfokú döntéssel sem ért egyet, úgy lehetősége van bírósági felülvizsgálat kezdeményezésére az illetékes közigazgatási és munkaügyi bíróságnál.
Fontos a jogorvoslatra nyitva álló határidő betartása, mivel az elkésett fellebbezést
az első fokú hatóság érdemi vizsgálat nélkül elutasítja. Ha a határidő hétvégére vagy munkaszüneti napra esik, akkor a legközelebbi munkanapot kell figyelembe venni. Ugyancsak el kell utasítani, ha a fellebbezés nem a jogosulttól származik. Elkésett fellebbezés esetén igazolási kérelmet is elő lehet terjeszteni a mulasztás okának megjelölésével. Ha az adózó önhibáján kívül mulasztott, úgy kell tekinteni, mintha a kérelmét határidőben terjesztette volna elő, ellenkező esetben az igazolási kérelmet elutasítják.
Ezzel azonban nem zárul le minden lehetőség, az adózó ugyanis rendkívüli jogorvoslatot is kérhet. Ha az adózó felügyeleti intézkedés iránti kérelmét elbíráló hatóság azt állapítja meg, hogy a támadott döntés jogsértő, azt megváltoztatja, megsemmisíti, illetőleg új eljárást rendel el. Az adózó terhére vonatkozó változtatásról csak új eljárásban hozható döntés.
A jogorvoslati kérelem előterjesztése illetékfizetési kötelezettséggel jár, amely alól azonban költségmentesség kérhető az adózó nehéz anyagi helyzete miatt. Ha pedig a felülvizsgálat során megállapítják, hogy a vitatott döntés az ügyfél hátrányára jogsértő, a jogorvoslati eljárásban megfizetett illeték az ügyfélnek visszajár. A fizetési könnyítés iránti kérelem nem számít jogorvoslatnak.
Előfordulhat, hogy az adózó mind az ellenőrzést, mind pedig a határozatot jogszerűnek tartja, ezért a fellebbezésre nyitva álló határidőn belül lemond a fellebbezési jogáról. Az erről szóló nyilatkozat nem vonható vissza.